使用AutoPLP检测快速变异的细菌和病毒

正如我们现在从 COVID-19 大流行的经验中知道的那样，导致某些感染的微生物可以迅速变异成逃避检测和治疗的变体。

但是现在，在ACS传染病中报道的研究人员已经开发出一种程序，可以帮助研究人员赶上这些偷偷摸摸的病原体。他们的“AutoPLP”技术设计了核酸探针，以快速，准确，轻松地检测新的变体。

许多诊断，例如基于聚合酶链反应(PCR)的诊断，通过分析遗传物质来检测病原体。滚圆扩增(RCA)的工作方式类似，但优点是它不涉及PCR那样复杂的温度循环。

这两种技术都需要核酸探针，其序列与特定位置的目标病原体的序列相匹配，但RCA使用高度特异性的“挂锁探针”(PLP)。随着病原体的突变，它的基因序列也会发生变化，研究人员必须不断重新设计他们的探针。

因此，Sowmya Krishnan，Ruben Soares，M. Michael Gromiha和Narayanan Madaboosi希望创建一种工具，不仅可以自动设计这些PLP，还可以首次系统地同时考虑所有必要的技术参数，以使整个过程更容易，更强大。

他们的工具，一个名为“AutoPLP”的计算机程序，以它设计的PLP命名。该程序可以将类似病原体的基因组序列作为输入，并进行一系列分析和数据库搜索，输出一组定制的PLP序列。该团队使用该程序设计了针对狂犬病病毒(一种在动物和人之间传播的病毒)和结核分枝杆菌(负责结核病的细菌)的探针，并将其与先前报道的探针进行了比较。

对于狂犬病病毒，AutoPLP靶向三个基因，产生的探针的熔化温度范围比文献中更高，更窄。对于结核分枝杆菌，他们设计了总共13个探针，专门针对负责耐药菌株的两个基因。研究人员说，这种工具可以帮助加速发现新的病原体变体，通过精确的分子诊断帮助快速有效地对抗它们。

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